Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d'univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses...
L'histoire se déroule dans le futur, trois mois après l'incident similaire à la « folie New Gen » et à la maladie du syndrome de l'enfant du chaos provoquée par le dernier tremblement de terre à Shibuya.
