La guerre est finie, mais le combat est loin d'être terminé pour Shikishima, pilote rongé par la culpabilité. Peut-il se pardonner et aider à sauver le Japon de la furie de Godzilla ?
Dans un futur proche à Tokyo, où la menace d'un séisme catastrophique plane sur la vie quotidienne, deux meilleurs amis rebelles s'apprêtent à terminer le lycée. Une nuit, ils font une farce lourde de conséquences à leur principal qui décide d’installer un système IA de surveillance...