1719 avant J.-C. Pour avoir osé ravir sa fiancée au Pharaon, le grand prêtre Imhotep est momifié vivant et enseveli dans une crypte secrète d'Hamunaptra, mais son cœur bat toujours et la Momie attend l'heure de sa libération. En 1923, l'aventurier O'Connell découvre les ruines d'Hamunaptra....
À peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, le dieu du tonnerre et des éclairs, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent. À leur tête, l'empereur d'Outremonde, Shao-Kahn lui-même.
New York dans les années 30. Alors que des scientifiques renommés commencent à disparaître et que Manhattan est attaqué par des machines volantes et de gigantesques robots, le reporter Polly Perkins décide d'enquêter. Elle est aidée par l'héroïque pilote capitaine Sky. Ils découvrent que...