Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.
Higanjima est une île occupée par des vampires, dont personne ne revient vivant. Lorsqu'un adolescent Akira apprend que son frère a disparu sur cette île, il décide d'y aller avec des amis pour enquêter.
L'histoire alterne entre le passé et le présent, liés par une chanson fatidique. Pendant la Seconde Guerre mondiale, le sous-marin japonais I-77 combat un destroyer américain au large d'Okinawa. Avant de partir en guerre, le capitaine a reçu un cadeau de son amant, la partition d'une chanson...
