En 1962, Betty et Barney Hill, un couple mixte, souffrent de troubles psychologiques et de cauchemars après un étrange incident survenu au retour d'un voyage au Canada. Ils consultent finalement le docteur Simon qui, sous hypnose, leur fait revivre leur enlèvement par des extraterrestres.
Une entité d'origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé...
