Le mariage entre Gloria et Pablo Morales est un enfer. Un jour, Pablo annonce à ses connaissances que sa femme est partie pour Guadalajara. Cependant, dans son laboratoire de taxidermiste, Pablo garde un squelette qu’il traite comme s’il s’agissait de son épouse éveillant les soupçons...
Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.