Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu...
Un an après la défaite de Godzilla aux mains de MechaGodzilla, le Japon répare Kiryu (le nom donné à Mechagodzilla) et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites jumelles qui parlent au nom de...
Un homme nommé Shouichi Tsugami a perdu ses souvenirs. Il ne sait pas qui il est, d'où il vient, ou comment il est venu sur ses circonstances particulières. Tsugami, apparemment sans raison, se transforme en un puissant surhumain, Kamen Rider Agito , chaque fois en présence des êtres...
