Quand la belle Kanako, lycéenne populaire et sans histoire disparaît, sa mère fait appel à son ex mari, flic alcoolique, pour qu’il retrouve leur fille. Mais celui-ci va découvrir que sous les apparences, l’univers de l’adolescente est plus trouble qu’il n’y paraît…
Tokyo. Envoyé pour un contrat, Mr. Long, tueur à gages de profession, échappe de peu à la mort après avoir manqué sa cible, un membre de gang japonais. En cavale, il doit trouver un endroit où se faire oublier, jusqu'à ce que les choses se tassent. Réfugié dans une petite ville tranquille...
En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs...
Koichi, douze ans, vit dans un camp dirigé par un culte religieux appelé « Nirvana »avec sa mère et sa jeune soeur Asako. Après la dissolution du culte sa mère disparait, et lui et sa soeur sont transférés dans un centre d’aide à l’enfance.
Yukari Kawahara travaille avec acharnement dans une société qui fabrique et commercialise de boissons. Son travail est récompensé : elle obtient une promotion. Elle fréquente le docteur Kippei Koide. Ils ont vécu ensemble pendant 5 ans. Un jour, Kippei s'effondre, victime d'une hémorragie...