Un homme nommé Shouichi Tsugami a perdu ses souvenirs. Il ne sait pas qui il est, d'où il vient, ou comment il est venu sur ses circonstances particulières. Tsugami, apparemment sans raison, se transforme en un puissant surhumain, Kamen Rider Agito , chaque fois en présence des êtres...
Le film commence là où le précédent finissait. Ayano est près du lit de son ancien professeur qui soudainement lui donne la clé d'un casier, juste avant de mourir. Surmontant sa peur de ce casier qu'on dit maudit, Ayano va l'ouvrir pour découvrir ce qui se cache derrière la mort de son...
