Bouleversés par la mort de Caeryn, les héros de Mythica sont de nouveau réunis pour empêcher son assassin, Kishkumen, de s'emparer du pouvoir et de répandre le mal. Au cours d'un voyage qui va mettre leur amitié à l'épreuve, ils vont devoir affronter les dangers d'une cité mythique...
Mythica 3 démarre lorsque Thane est retenu en otage par Peregus Malister, le chef de la guilde des voleurs, forçant Marek à s’embarquer dans une mission corrompue afin de servir cette guilde. Mais lorsque cette mission les mènent dans les griffes de Szorlok – leur plus grand ennemi, Marek...