Dans la guerre du Saint-Graal, les mages (Masters) et leurs Esprits Héroïques (Servants) se battent pour le contrôle d’une machine à vœux omnipotente. Des années se sont écoulées depuis la fin de la cinquième guerre au Japon. Aujourd'hui, des signes annoncent l'émergence d'un nouveau...
L’histoire nous entraîne au côté de Makoto Makazono, un lycéen capable de voir les shinigami qui volent les âmes des vivants.Habitué à y faire abstraction, Makoto se retrouve devant un dilemme quand son amie d’enfance se retrouve être la cible de l’un d’entre eux.
