Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation.
Garçon timide, Simon vit en reclus dans un monde qui ne lui témoigne qu'indifférence. Ignoré au travail, méprisé par sa mère et rejeté par la femme de ses rêves, il se sent incapable de prendre son existence en main. L'arrivée d'un nouveau collègue, James, va bouleverser les choses, car...