Depuis la défaite de leur ennemi juré The Shredder, les liens se sont distendus entre Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Leur vieux gourou, le rat géant Splinter fait tout ce qu'il peut pour maintenir un semblant de cohésion au sein de cette tumultueuse équipe, et s'inquiète...
Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l’origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l’utilise pour muter et décupler ses forces…
