Basé sur des faits réels, le film raconte la lutte pour l'hégémonie d'un nouveau gang reconstitué sur les ruines de l'après-guerre dans la région d'Hiroshima.
Dans le Japon féodal, la légende des ninjas se perpétue dans Watari, le garçon ninja, un film qui ne ressemble à aucun autre. C'est l'histoire d'un jeune garçon doté de pouvoirs quasi mystiques. Ses compétences en ninjutsu dépassent l'imagination alors qu'il infiltre le clan rival des Iga...
Lorsque le clan Yagyû est victime des espions rivaux de Kasumi, Yagyû Jûbei est appelé à l'action pour les protéger. Mais dans l'accomplissement de son devoir, il devient la cible de ceux qui veulent détruire son clan.
