Zion, 14 ans, et son frère Meir, 17 ans, sont en conflit après un terrible accident de train, dans lequel leur voisin, un immigrant éthiopien, a été tué. Les deux frères responsables de la mort de celui-ci décident de garder leur secret...
Françoise et Paul, une mère et son fils, sont retirés dans leur maison sur une île isolée. Le Cormoran entremêle deux périodes de leur vie, jeunesse et âge mûr, où se tissent les fils parfois fragiles et tendus mais indestructibles de leur relation.