Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
L'histoire d'un jeune criminel qui, arrivant en prison, repense alors aux jours précédant son arrestation et à son enfance, essayant de trouver des raisons pour aller de l'avant et survivre à son incarcération. Le récit du film croisera trois récits / histoires en une.
Quand une adolescente rebelle embarque dans une mission solo pour l'été afin de reconnecter avec ses racines, elle se retrouve dans un nouveau monde, équipée pour la balade de sa vie et découvre qu'elle a toujours eu la motivation en elle.
Une ville progressiste éclate lorsqu'un rodéo itinérant atterrit dans les limites de la ville et que la fille du conseiller municipal tombe amoureuse du cow-boy.