Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
En quête d'un sujet d'aventure dans les bois, un groupe d'étudiants en journalisme réveille un être surhumain de sa chambre cryogénique perdue. S'ensuit une longue nuit de traque et de désespoir.
Les quatre amis Lukas, Julius, Gino et Sanchez tentent de survivre à Neukölln, Berlin, entre drogues, gangs, rap, violence et ennui. Jusqu'à ce qu'ils prennent un jour une décision qui aura de graves conséquences…
