Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
Les quatre amis Lukas, Julius, Gino et Sanchez tentent de survivre à Neukölln, Berlin, entre drogues, gangs, rap, violence et ennui. Jusqu'à ce qu'ils prennent un jour une décision qui aura de graves conséquences…
