Sonic, Knuckles et Tails sont à nouveau réunis face à un puissant nouvel adversaire, Shadow, un mystérieux vilain doté de pouvoirs comme ils n'en ont encore jamais vu. Leurs habiletés étant toutes surclassées, l'Équipe Sonic doit tenter une alliance improbable dans l'espoir d'arrêter...
À Malte, au 14e siècle, cinq soldats épuisés rentrent de la guerre. Lors d'une halte sur le long chemin du retour, ils se retrouvent au cœur d'une nouvelle bataille.
