Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
Adam Freeman, adolescent maladroit et timide, vient de terminer sa première année de lycée. Casey, sa grande soeur, lui suggère de passer ses vacances d'été avec elle à New-York. Il découvre que sa soeur a adopté une vie au sein de la communauté LGBT. Pendant les rassemblements et...