Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Intelligent et doté d'une grande imagination, il a pour ami Frank, une créature que lui seul peut voir et entendre. Lorsque Donnie survit par miracle à un accident, Frank lui propose un étrange marché. La fin du monde approche...
Michael est un "fantôme". Vivant dans l'ombre avec sa nouvelle famille, à des années de son ancienne vie d'assassin secret et nomade. Sa paix et son anonymat sont brisés, Michael doit protéger sa famille, il chasse ceux qui se cachent derrière l'organisation où tous ses péchés sont nés.