D'après les rapports d'experts américains, le Japon devrait être englouti par les eaux sous trente ans. Les deux nations travaillent à chercher une solution lorsqu'un scientifique Japonais revoit l'estimation à la baisse: la disparition de l'archipel devrait intervenir dans les mois qui...
Kentaro, un jeune étudiant et sa soeur aînée Keiko se décident à faire des recherches sur leur grand-père Kyuzo Miyabe, tué alors qu’il était dans les Forces Spéciales lors de la seconde guerre mondiale. Leur grand-père Kyuzo Miyabe était terrifié par la mort et obsédé par la vie....
Un an après les événements survenus dans Galaxy Express 999, Tetsuro, toujours en compagnie de Maetel, reprennent la route en direction de la planète Eternal.
Après la capitulation japonaise, et tandis qu'il tente de retrouver son amour de jeunesse dans un pays dévasté, un général de l'équipe MacArthur est chargé de décider s'il faut juger et condamner l'empereur Hirohito pour crimes de guerre.
