Keiko Yashiro est hôtesse de bar dans le quartier chic de Ginza, à Tokyo. Malgré son métier, elle se refuse aux hommes qui la courtisent quotidiennement.
Lorsqu’une espèce rare de papillon est découverte dans une vallée mystérieuse du Japon, deux entomologistes vont enquêter et en trouver d’autres. Ils découvrent Varan, un monstre géant, qui décide de quitter la vallée et de se diriger directement vers Tokyo.
Shigeko, veuve depuis peu, quitte Nagano pour Tokyo où elle confie son fils Hideo à un oncle. Le jeune et timide garçon se sent perdu dans cette grande ville. Il se lie d’amitié avec Junko, la fille de la directrice de l’hôtel où travaille sa mère.
Les militaires japonais et américains travaillent ensemble dans le Pacifique sur une île japonaise possédant un lac salé, et tentent une expérience pour désaliniser l'eau. La technique utilisée réveille un monstre préhistorique, Varan, du plus long sommeil jamais observé. Naturellement...
