Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation.
Beth est une romancière new-yorkaise. Elle est mariée depuis des années à Don, qui l'aime et la soutient dans tous les domaines jusqu'au jour, où Beth l'entend admettre qu'il n'aime plus son écriture depuis des années. Cette affirmation va bouleverser la vie et la carrière de Beth.
