Le Japon est infesté de kaiju, et le travail de Kafka Hibino consiste à se débarrasser de leurs carcasses. Pendant ce temps, son amie d’enfance, Mina Ashiro, grimpe les échelons dans les Forces de Défense anti-kaiju. Kafka avait abandonné l’idée de les intégrer, mais décide finalement...
Alors qu'elle est encore au collège, Kyôko fait partie de ces jeunes filles que la société considère comme "perdues" : elle ne va pratiquement plus en cours, participe à des bagarres de rue, etc. Un jour, alors qu'elle se rend au collège pour la première fois depuis des semaines, elle est...