Moyen Âge. En Bohême, au XIIIème siècle, christianisme et paganisme s'affrontent, anarchie et misère règnent. Mikolás et son frère Adam volent des voyageurs sous les ordres de leur tyrannique père, le Seigneur Bouc. Après un de ces actes de banditisme, ils se retrouvent avec un jeune...
La rumeur veut que la maison de Prague cache un secret pour obtenir la pierre philosophale, et un labyrinthe complexe à plusieurs niveaux de tunnels souterrains et de caves recèle de nombreux mystères non résolus et des trésors indicibles.
Un médecin juif en République tchèque occupée par les nazis (alors Bohême et Moravie) risque sa vie et tente de retrouver son identité en aidant un fugitif politique blessé.
