Macross Delta se déroule lors de l'année 2067, 8 ans après les événements de la dernière série TV Macross, Macross Frontier. L'histoire se concentre sur Walküre, une équipe d'idoles talentueuses et pilotes de Valkyrie, ainsi que sur l'escadron Delta, un groupe de pilotes de Valkyrie...
Les Walkure sont accueillies à Windermere à l’occasion d’un concert célébrant la paix enfin retrouvée. L’occasion pour Freyja de retourner dans son village natal. Mais alors que la fête bat son plein, une nouvelle menace se profile…
