Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.
Le docteur Eduardo Almada s'apprête à épouser la belle Flor quand il apprend que le docteur Krupp a réussi, avec l'aide de ses hommes de main, à s'évader de prison et qu'il vient d'enlever sa fiancée. La jeune femme est en effet la réincarnation d'une Aztèque du XVe siècle et l'infâme...
