Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.
Convaincu que l'hypnose est un moyen de retrouver ses vie antérieures, Le Dr Almada met ses théories en pratique et prend pour cobaye sa fiancée Flor. Celle-ci se retrouve plongée dans la civilisation aztèque, dans la peau de Xochi, une femme promise au sacrifice.
