Bob Ferguson est un ancien révolutionnaire paranoïaque et désabusé, qui a jadis oeuvré avec son ex, Perfidia, au sein du French 75, un groupe militant voué au renversement du gouvernement américain. Seize ans plus tard, Bob vit seul avec sa fille, Willa, quand celle-ci disparaît...
Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
