Kanzo Hattori, dit Nin, l'un des derniers descendants du clan des Iga, est envoyé à Tokyo par son père, le grand maître Hattori, afin d'accomplir son destin de ninja. Mais à Tokyo, il croise la route du jeune Kenichi, qui lui sauve la vie. Nin prête alors allégeance à Kenichi et entreprend...
