Sonic, Knuckles et Tails sont à nouveau réunis face à un puissant nouvel adversaire, Shadow, un mystérieux vilain doté de pouvoirs comme ils n'en ont encore jamais vu. Leurs habiletés étant toutes surclassées, l'Équipe Sonic doit tenter une alliance improbable dans l'espoir d'arrêter...
En 1820 à Edimbourg, le brillant Docteur Rock donne des cours d’anatomie tout en poursuivant ses propres recherches dans le domaine. Pour obtenir de quoi travailler, il paie des personnes peu scrupuleuses qui vont déterrer des cadavres dans les cimetières...
