Lupin III et ses compagnons se dirigent vers la mer des Bermudes, à la recherche d'une « île mystérieuse » absente de toutes les cartes du monde. Leur objectif : découvrir l'identité du cerveau qui envoie des assassins à leurs trousses, et mettre la main sur son immense trésor. Mais alors...
Le film est divisé en deux parties distinctes. La première moitié suit un tueur à gages pris entre les forces de l'ordre et les yakuzas, tandis que la seconde partie réimagine le même récit à travers un prisme comique.
