La guerre est finie, mais le combat est loin d'être terminé pour Shikishima, pilote rongé par la culpabilité. Peut-il se pardonner et aider à sauver le Japon de la furie de Godzilla ?
Sakuta Azusagawa, élève de 1ère, habite Fujisawa, une ville où resplendissent ciel et mer. Il vit un quotidien palpitant avec sa petite amie Mai Sakurajima, jusqu'au jour où débarque son premier amour, Shôko Makinohara, en qui cohabitent en fait deux personnes : une adulte et une...