La mission de récupération des parchemins secrets des deux ninjas Senshiro et Tasaburo continue. Ce dernier, tombé amoureux de la princesse, s'enfuie avec sa bien-aimée toujours en possession de l'un des rouleaux et Senshiro se lance à sa poursuite.
Lorsqu’une espèce rare de papillon est découverte dans une vallée mystérieuse du Japon, deux entomologistes vont enquêter et en trouver d’autres. Ils découvrent Varan, un monstre géant, qui décide de quitter la vallée et de se diriger directement vers Tokyo.
Ginko, la fille d'un pauvre cordonnier, devient une geisha pour subvenir aux besoins de sa famille. Elle passe d'une maison de geisha à l'autre, essayant tout de même de trouver l'amour et l'espoir. Malgré tous ses efforts, elle ne peut pas échapper à son triste destin.