Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.