Alors qu'Ethan Hunt est chargé de récupérer du plutonium volé, il décide de sauver son équipe plutôt que de mener à bien cette mission. Les armes nucléaires se retrouvent ainsi dans les mains d'un groupe terroriste nommé « les Apôtres », formé après l'arrestation de Solomon Lane...
En disgrâce, un marionnettiste revient dans la maison de son enfance accompagné de sa "créature", Il va devoir se confronter à son oncle et aux secrets qui le tourmentent depuis si longtemps.
Eddie et Paul, deux anciens repris de justice, sont en liberté conditionnelle et travaillent dans un restaurant de New York. Leur vie est une impasse. Jusqu'à ce que l'avocate anglaise Katherine Rookwood entre dans leur restaurant avec une offre qu'ils ne peuvent refuser.