L'histoire commence en 2005, en Colombie, où le Lieutenant-Commandant Sam Axe est envoyé pour conseiller un peloton militaire local. Mais il découvre rapidement toute une série de mensonges et manipulations qui lui font penser qu'il n'est peut-être pas du bon côté...
Huit ans après la débâcle d'Ingen, le célèbre paléontologue Alan Grant peine à trouver les fonds nécessaires pour financer ses recherches sur les dinosaures. Paul Kirby et sa femme Amanda, se disent prêts à financer ses travaux à condition qu'il les accompagne dans leur tournée...
