Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
Oakland, 1987. De mystérieux zigzags de lumière verte clignotent sur la ville. Des punks pacifistes se préparent à résister à l'assaut d'une bande de skinheads néo-nazis. Un duo de rappeuses affronte sur scène un confrère populaire ouvertement misogyne. Un collecteur de dettes a maille à...