Mythica 3 démarre lorsque Thane est retenu en otage par Peregus Malister, le chef de la guilde des voleurs, forçant Marek à s’embarquer dans une mission corrompue afin de servir cette guilde. Mais lorsque cette mission les mènent dans les griffes de Szorlok – leur plus grand ennemi, Marek...
Un guerrier, un voleur et une apprentie magicienne - Thane, Dagen et Marek - s'unissent pour libérer la sœur de Teela des mains d'un ogre. Tous se lancent dans une quête remplie d'épreuves au cours de laquelle ils vont devoir affronter des créatures maléfiques.