Sept ans après Racoon City, alors que Claire Redfield est de passage dans l'aéroport d'Harvardville, ce dernier est contaminé par le Virus-T. Elle parvient à se réfugier avec quelques survivants dans une pièce isolée, Leon S. Kennedy est envoyé avec deux agents du gouvernement, Angela...
Kazamatsuri, un Ronin vient de voler le sabre ornemental offert par le shogun au clan Nagashima qu'il était pourtant supposé garder. Le chef du clan décide donc d'envoyer son fils Heishiro à la poursuite du Ronin. Déterminés mais inexpérimentés, Heishiro et ses deux amis vont vite...
