Une équipe de scientifiques est parvenue à capter l'énergie d'un enfant fantôme grâce au cube inventé par le brillant Hashimoto. L'enfant, isolé dans un appartement désert, marmonne des mots incompréhensibles. Hashimoto enrôle l'agent Ye, qui lit sur les lèvres, pour découvrir ce que...
Sousuke Aoyama, étudiant à l'université, n'arrive pas à se remettre de la mort de ses parents. Dans la galerie d'art où il travaille, il est fasciné par des oeuvres à l'encre. Kozan Shinod, le maître de la peinture au lavis d'encre, lui propose de devenir son élève.
Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les...