Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation.
Allan Quatermain dirige La Ligue des Gentlemen Extraordinaires, association de héros légendaires. À bord du Nautilus, ils gagnent Venise, où le diabolique Fantôme se prépare à saboter une conférence réunissant les plus grands chefs d'État.
Scotland Yard apprend qu'une attaque terroriste avec l'aide des substances radioactives se trame. Les policiers ont peu de temps pour identifier les suspects et tenter de freiner l'attaque avant qu'il ne soit trop tard.
Nina, une jeune Française, quitte son Marseille natal et accepte un premier emploi de réceptionniste dans un luxueux hôtel situé sur une île magnifique, dans l'espoir d'une vie meilleure. Mais lorsqu'une tragédie frappe l'hôtel, Nina est propulsée dans une spirale implacable de mensonges...