Lors d'une dernière mission éprouvante pendant sa formation de Ranger, un ingénieur militaire doit mener son unité contre une gigantesque machine à tuer venue d'un autre monde.
Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation.
Lorsque son chien disparaît, un jeune homme entreprend avec ses parents d'incroyables recherches pour le retrouver et lui donner des médicaments sans lesquels il mourra.
Au Texas durant l’été 1974, Jim Estelle, le directeur du Département des services correctionnels du Texas, tente de mettre fin à un trafiquant d’héroïne, qui retient des dizaines de personnes en otage dans un pénitencier.