Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux...
Diaboromon fait un retour sur le Net, et les Digi-sauveurs sont appelés à agir, ignorant que Diaboromon a encore quelques tours dans sa manche depuis leur dernière rencontre.
L'histoire se passe aux États-Unis. Wallace est un Digisauveur qui vit aux USA, mais contrairement aux autres enfants, il possède deux Digimons. Malheureusement, l'un d'entre eux a été contaminé par un virus, le rendant peu à peu maléfique. Quelques années plus tard, Hikari et Takeru sont...
Un an après les événements de la première saison, un Digimon virus appelé Diaboromon apparaît et commence à attaquer Internet. Les enfants et leurs Digimon s'unissent à nouveau pour l'empêcher de détruire tous les réseaux de communication de la planète.
En 2012, après les événements de Digimon Adventure : Last Evolution Kizuna, les jeunes adultes DigiDestined — Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari et Ken — doivent concilier leurs nouvelles responsabilités avec leurs partenaires Digimon. Mais Rui Owada, un jeune homme mystérieux,...
Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les...
Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il...
Le digimonde était tellement devenu surpeuplé que le super-ordinateur, nommé Yggdrasil, contrôlant le monde digital, ne pouvait plus rien contrôler. Sa solution aurait été d'éradiquer une vaste majorité de Digimon avec un programme nommé Programme X (X-Program). Il a donc choisi un petit...
Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.
En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.
Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du...
