1999. La fin du règne de la princesse Millénium approche. Les habitants humanoïdes de la planète la Métal se réveillent de leurs longs sommeils et leur planète quitte son orbite pour se diriger sur la Terre. La princesse Millénium vit sur Terre sous l'identité de Sanae, une jeune...
Kanzo Hattori, dit Nin, l'un des derniers descendants du clan des Iga, est envoyé à Tokyo par son père, le grand maître Hattori, afin d'accomplir son destin de ninja. Mais à Tokyo, il croise la route du jeune Kenichi, qui lui sauve la vie. Nin prête alors allégeance à Kenichi et entreprend...
