Une flic intégrée à un groupe de barjots traque les pires mutants qui pullulent sur terre. Derrière ce phénomène se cache un savant fou fanatique d'expériences en tout genre.
En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs...
Azumi poursuit son combat pour libérer son pays des guerriers. Elle doit à présent affronter le dirigeant du gouvernement et son armée de ninjas. Elle est pour cela aidée de son compagnon Nagara.
