Dans les années vingt, Gertrude Lintz a transformé sa maison en véritable arche de Noe. Autour d'elle, s'ébattent singes, oiseaux, chevaux, chats, le tout dans une harmonie seulement troublée par les faceties de chacun. Lorsqu'un jour, Gertrude recueille un bébé gorille promis a une mort...
Victime de manipulations mentales, Danny tombe sous la coupe d'une secte. La famille désespérée accepte l'aide de Pratt, individu sans scrupule, qui arrache le jeune homme à ceux qui le retenaient prisonnier, le déprogramme et lui rend son identité et la joie de vivre avec celle qu'il aime.
C'est la veille de Noël et le théâtre des Muppets menace d’être démoli. Alors que tout semble perdu, Kermit et les Muppets reçoivent une aide inattendue et réalisent alors que le plus important est l'amour qu’ils se portent les uns aux autres...