Le Président Pierce envoie Townsend Harris au Japon pour y servir de consul américain. Il y découvrira le racisme de la population à l'égard des occidentaux, mais aussi l'amour d'une jeune geisha.
Peu de temps avant sa mort, un riche homme d'affaires souhaite voir ses trois enfants illégitimes. Son épouse, qui craint d'être dépouillée d'une partie de son héritage, s'y oppose. Le mari décide en outre de reconnaître comme maîtresse sa secrétaire et d'en faire ainsi une héritière....
Koen, une geisha des bas quartiers, entretient des relations avec des hommes de tous âges. Un jour, Tsutsui, un client qui pourrait être son père, lui propose un amour exclusif.
Ginko, la fille d'un pauvre cordonnier, devient une geisha pour subvenir aux besoins de sa famille. Elle passe d'une maison de geisha à l'autre, essayant tout de même de trouver l'amour et l'espoir. Malgré tous ses efforts, elle ne peut pas échapper à son triste destin.