L'histoire commence lorsque le professeur Kokubunji découvre des peintures rupestres dessinées par le « Super Peuple du Paléolithique ». Celles-ci prédisent l'Invasion de la Terre par l'empire Kyo'akk et donne le moyen de la contrer : les plans d'un super robot, le Gekiganger III.
An 2201 AD. Âgée de 16 ans, Ruri est à présent le capitaine du nouveau vaisseau Nadesico B, successeur de l’ancien Nadesico désormais désaffecté. Depuis quelques temps, des forces inconnues s’attaquent à plusieurs colonies et Ruri a pour mission de découvrir ce qui se cache derrière...
Un long moment s'est écoulé depuis la fin d'une guerre massive entre les humains et les monstres. Les humains sont parvenus à utiliser l'AER, une énergie fondamentale issue de la terre, cristallisée dans des noyaux. Ces noyaux sont utilisés comme source d'énergie du Blastia, un art magique...
