Le fils aîné des Ishimura décide de quitter son travail pour poursuivre ses études contre l'avis du père, dont le salaire ne suffit pas à faire vivre toute la famille.
Les militaires japonais et américains travaillent ensemble dans le Pacifique sur une île japonaise possédant un lac salé, et tentent une expérience pour désaliniser l'eau. La technique utilisée réveille un monstre préhistorique, Varan, du plus long sommeil jamais observé. Naturellement...